Die Ellerbeker Schule setzt sich heute zusammen aus der zweizügigen Grundschule und dem Förderzentrum mit dem Förderschwerpunkt Geistige Entwicklung, aufgegliedert in Primar-, Sekundar- und Berufsbildungsstufe. Seit 2019 ist die Berufsbildungsstufe am Standort Geschwister-Schollstraße untergebracht und kooperiert dort mit dem RBZ-Technik.
Grundschul- und Förderzentrumsteil kooperieren intensiv miteinander, nicht nur in den integrativen Maßnahmen sondern z.B. auch bei gemeinsamen Projekt- und Theaterwochen, Sportfesten, Jahreszeiten- und Adventssingen, Fahrradausbildung sowie anderen Aktionen. Schulartübergreifend gibt es eine gemeinsame Schülerinnen- und Schülervertretung und Streitschlichter in den Pausen.
Zurzeit besuchen 364 Schülerinnen und Schüler im Alter von 6–18 Jahren die Ellerbeker Schule. Einzelne Kinder und Jugendliche die aus besonderen Gründen nicht am Unterricht teilnehmen können werden im St. Antoniushaus bzw. im Elternhaus von Lehrkräften der Ellerbeker Schule gefördert. Inklusiv beschulte Schüler*innen in der Ellerbeker Grund- und in der Toni-Jensen-Gemeinschaftsschule werden durch Fachkräfte des Förderzentrumsteil unterstützt.
